De school heeft een Raad van Toezicht. De Vereniging Willem de Zwijgerschool kent een zogeheten organieke scheiding. Binnen de vereniging is de Algemene Ledenvergadering het hoogste orgaan. De Raad van Toezicht verzorgt in opdracht van de ALV het intern toezicht naast het extern toezicht (accountant).
De RvT bestaat uit 5 leden en wordt ingesteld door de ALV. De RvT rapporteert en adviseert onder meer over: rapporteren over begroting, jaarverslag, statutenwijzigingen en strategisch meerjarenplan. Ook mag de RvT gevraagd en ongevraagd advies geven over andere onderwerpen en zij kan vanuit haar opdracht onderwerpen agenderen en voorleggen aan de ALV.
De Raad van Toezicht bestaat uit Jan Smid (voorzitter), Heleen Cosijn, Jasper de Jong, Jiles Luyt, Xavier Sieckmeijer .